Основное направление в работе врача функциональной диагностики — оценка состояния организма в динамике. Как правило, для этого используются следующие методы диагностики: ЭКГ, ЭХО-КГ, УЗИ сосудов головы, шеи и конечностей, электроэнцефалография, реоэнцефалография, эхоэнцефалография, пульсоксиметрия, пикфлоуметрия и прочие.